2010年7月25日

Real Time-PCR / Quantitative PCR Primer設計

使用軟體: ABI Primer Express 2.0

 

1.上NCBI,用Nucleotide資料庫找出所要的Gene sequence。把ATCG序列存下來到記事本(建議用Fasta偶模式存)

 

2.打開Primer Express,點選File>New>TagMan MGB Probe & Primer Design

 

3.點選Import DNA profile,選剛剛存下來含ATCG序列的記事本,程式會自動編排好

 

4.點選Options>Find Primers/Probes Now。程式會自動幫你找出可以當Primer/Probe的位置 (接下來我們人工要做的就是確定這段序列會不會有太多的CG鍵結,因為CG鍵結含3個氫鍵要打斷不像AT鍵結那麼容易


 

5.分頁切換到Primer


6.點選Options>Show Primer Secondary Structure。視窗會顯示出該段Primer的CG鍵結數目,依序比對直至找到適當序列


7.若沒有找到適當的Primer,把原來程式挑出來的位置給剔除,讓程式再找一次 (要是還找不到就真的沒辦法了)

張貼留言

您或許對這些文章有興趣:

Related Posts Plugin for WordPress, Blogger...