2010年8月17日

Shotwell圖片管理軟體-Ubuntu下的Picasa


Shotwell是一套Linux作業系統下的相片管理軟體 (Shotwell目前也有Windows版本了)
它的功能及介面有點像Windows下的Picasa
使用者將相片匯入程式後,它能幫助我們管理相片、做基本修圖及上傳到網路相簿(目前支援Facebook, Flicker, Picasa Web Albums)
程式名稱: Shotwell
官方網站: http://yorba.org/shotwell/
下載點: 點此進入下載頁面

Shotwell 0.6 支援的影像格式:
JPEG, PNG, RAW (目前尚不支援BMP, GIF, TIF)
 以下是介面簡介

基本修圖: 可以調曝光值、飽和度、色調、色溫、陰影

支援上傳Facebook, Flicker, Picasa Web Albums

上傳介面,跟Picasa軟體的介面很像

小結:
雖然目前Shotwell功能及支援的影像格式尚且不及Windows下的Picasa豐富
但對我來說,它已經能滿足我對這類軟體的主要需求-簡易修圖、上傳相簿
著實是我在Ubuntu系統下的一個好幫手

2010年8月13日

在Ubuntu下安裝PDF XChange Viewer

PDF XChange Viewer是我在Windows底下最常用的pdf閱讀器
它不但免費、啟動快速,還可以在pdf上畫螢光筆、標底線等作註記,是閱讀文章的好利器

Ubuntu裡一些pdf閱讀器其實效率很好,但如果說要有螢光筆畫記的功能
我還沒有找到一個非常滿意的程式
參考了Nelson的文章後,
透過Wine現在我在Ubuntu底下也可以用PDF XChange Viewer看pdf了
作法如下:


  1. 先安裝好Wine


  2. 官方網站下載可攜版的PDF XChange Viewer軟體,(選Portable ZIP)


  3. 下載回來解壓縮後,將整個軟體資料夾(假定為A資料夾)移到
    /home/你的帳號/.wine/dosdevices/c:/Program Files/底下


  4. 下載此執行腳本,用文件編輯器打開它,將第23行的位址指向Program Files底下A資料夾內的PDFXCview.exe檔 (在我的電腦是/home/youthyear/.wine/dosdevices/c:/Program Files/PDFX_Vwr_Port/PDFXCview.exe),好了後儲存


  5. 將這份檔案改成可執行檔。對它按右鍵>屬性>權限>勾選『允許檔案做為程式執行』


  6. 將它移動到「/usr/bin」底下 (若遇到權限不足的問題。可以下載這個檔案,把它改為可執行檔,之後執行它便可以用root開啟檔案總管)


  7. Nelson大的文章上有提到接下來到終端機下sudo mv PDFXCview /usr/bin的指令,但是這邊我試過後會顯示抓不到這個檔案,不過這步驟一定要做,下面的步驟才會順利
    接著要把PDF XChange Viewer設為pdf的預設瀏覽器:


    1. 選擇任一pdf檔,右鍵點選『以其它方式開啟』


    2. 接著選我們剛剛的PDFXCview,或是在『使用自訂的指令』那裡填上『/usr/bin/PDFXCview』


    3. 這時候再任選一pdf檔,右鍵>屬性>以此開啟> 選擇PDFXCview即可

    2010年8月11日

    Liu's stain下各種血球的特徵

    觀念:
    看大小不一定準:血球的大小為一範圍,單核球可以很小;淋巴球可以很大。需參考形態特徵辨別。
    型態有多樣:不同病人、不同玻片染起來的顏色都不一樣,血球顆粒也沒有一定的大小。
    光學顯微鏡下要驗明血球正身「沒有黃金準則」,只能判斷傾向何種血球;要確診惟靠其它進一步檢驗。

    紅血球 (Erythrocyte, Red blood cell, RBC)
    直徑: 7.5~8.3μm
    細胞質: 雙凹(中央淡染),盤狀
    細胞核: 無核
    圖中可見許多粉紅色的紅血球,右下角為一嗜中性球做對照


    嗜中性球 (Neutrophil)
    直徑: 10~15μm
    細胞質: 含許多粉紅色的小顆粒。因顆粒小,轉動細調節輪只有清楚跟模糊之分
    細胞核: 通常分2~5葉
     


    嗜酸性球 (Eosinophil)
    直徑: 10~15μm
    細胞質: 充滿很有特色的橘紅色顆粒(有時候不一定很紅),有點像魚卵。比嗜中性球的顆粒還粗大,轉動細調節輪時可以感覺那些顆粒在閃爍
    細胞核: 常見分2葉
     
    第三張圖左方為嗜中性球對照


    嗜鹼性球 (Basophil)
    直徑: 10~15μm
    細胞質: 細胞膜邊緣不清楚。含粗大的紫黑色顆粒,有時顆粒會破掉不一定看得到
    細胞核: 易被顆粒蓋住,有分葉但整體細胞核看不清楚
     
    嗜鹼性球的血球及顆粒容易在玻片製作時破裂。於是常見周圍會有暈開的紅紫色染劑,整顆細胞看起來「爛爛的」


    單核球 (Monocyte)
    直徑: 15~20μm
    細胞質: 含許多細小的紅色顆粒
    細胞核: 型態多變,常見腎形或圓形。核染起來的顏色較不平均
    1. 單核球為最大的白血球(但切記也有體型小的單核球)。有時跟大淋巴球會容易搞混(大小相近),但淋巴球的細胞質較乾淨且稍偏藍色;單核球的細胞質感覺較髒、常見一些顆粒在其中
    2. 單核球的核可以有多種形狀呈現,且顏色染起來較不均勻;但淋巴球的核通常較圓,且顏色是均勻地深染


    淋巴球 (Lymphocyte)
    直徑: 大(12~15μm);中(10~12μm);小(8~10μm)
    細胞質: 細胞質所佔比例很少,質內乾淨、色偏藍,一般無顆粒存在
    細胞核: 為圓形或卵圓形,核深染且顏色較均勻
     
    淋巴球有大小之分,但九成以上的淋巴球都是小淋巴球(約跟紅血球等大)

    血小板 (Platelet, thrombocyte)
    直徑: 2~4μm
     
    圖片中比紅血球還小的紫紅色碎片就是血小板

    附表1.
    各類血球正常情況下的百分比和數目參考值 (依數量多寡排列)
    細胞類別
    百分比
    絕對數目 (單位:109/L)
    Neutrophil
    40~75
    2.75~7.5
    Lymphocyte
    20~45
    1.5~4.0
    Monocyte
    2~10
    0.2~0.8
    Eosinophil
    1~6
    0.04~0.4
    Basophil
    <1
    0.01~0.1

    相關資料:
    關於血液抹片染色的歷史,以及各種染色(Wright's stain, Giemsa stain, Liu's stain, PAS stain)的簡介、做法。我有整理了一份PDF,需要的可供參考。

    Reference
    1. 數據資料: 郭啟昭, 周真玲編著, 1987, 彩色血液學圖譜, 合記圖書出版社
    2. 血球特徵: 國泰醫院醫檢師
    3. 圖片來源: 中研院沈哲鯤實驗室所拍

    2010年8月10日

    我的手似乎穩定性還不錯,可以拿來作一些手工藝

    剛來實驗室的前幾個禮拜

    跑膠要Load well,我的手抖得不會太厲害,最後DNA有集中到Well中

    就手的穩定性這邊,有被稱讚一下

     

    外科見習時我們用Larparoscope練習割紙上數字的照片

    以下依序是Migo, R, 我, Wuz

     

    雖然,這是花了滿多時間且耐心地慢慢剪的結果

     

    或許可以走外科系?

    2010年8月2日

    感冒了,H1N1新流感?

    病程&症狀:

    前天晚上要睡覺前開始感覺喉嚨裡有痰,量不多咳不太出來,除此之外沒什麼不適

     

    昨天早上起來,除了喉嚨的一點點痰以外還是沒什麼不適

    午餐去吃雞肉飯,開始有食欲不振症狀

    接著走回來宿舍的路上開始有嚴重地全身倦怠感、併發肌肉痠痛(上臂&小腿為主)

    累到原本要用電腦的我不得不去躺一下

     

    休息一下有好一些

    接著打開電腦看Ubuntu的電子書,感覺無法專心沒多久又跑去玩續英傑傳

    這之中除了倦怠感及肌肉痠痛外

    開始有發燒(微燒,四肢末端會感覺熱熱的)、

    頭痛(從眼眶、太陽穴一直延展到腦袋裡的悶痛)、

    流鼻涕(稀疏的白色分泌物、量不大)

     

    於是下午4點又跑去躺到6點

    無力地出門去買晚餐

     

    今天去實驗室才知道另外一個坐我旁邊的暑期研究生請假

    因為他流感快篩陽性,目前在服用克流感

     

    總結

    兩天前開始喉嚨有痰

    昨天中午到下午病程急遽變化:

    食欲不振、發燒、頭痛、全身倦怠感及肌肉痠痛、鼻涕通通來

    一直持續到今天

     

    所幸的是沒有呼吸急促、高燒、心跳加速等症狀

    但是「非常的不舒服」,感覺比之前的感冒還特別難過 (頭痛及全身倦怠感吧)

     

    靜靜修養中

    2010年7月30日

    用Excel算Student’s t test

    紀錄

    假定A, B是同一物種的兩個群,我們針對I, II, III三種項目分別對A, B進行檢測,結果如下

     

    我們想要比較A, B兩群體分別在I, II, III項目的表現上是否有統計上的差異

    這時候這樣設定:

     

    在想要填入P-value的空格處點一下

     

    點選公式>插入函數

     

    選擇TTest

     

    分別框選A, B中想要比較的項目

     

    Tail: 單尾分布填1, 雙尾分布填2

    Type: 成偶填1, 具有相同變異數填2, 具有不同變異數填3

     

    接著P-value就會自動幫你算好了

    2010年7月25日

    Real Time-PCR / Quantitative PCR Primer設計

    使用軟體: ABI Primer Express 2.0

     

    1.上NCBI,用Nucleotide資料庫找出所要的Gene sequence。把ATCG序列存下來到記事本(建議用Fasta偶模式存)

     

    2.打開Primer Express,點選File>New>TagMan MGB Probe & Primer Design

     

    3.點選Import DNA profile,選剛剛存下來含ATCG序列的記事本,程式會自動編排好

     

    4.點選Options>Find Primers/Probes Now。程式會自動幫你找出可以當Primer/Probe的位置 (接下來我們人工要做的就是確定這段序列會不會有太多的CG鍵結,因為CG鍵結含3個氫鍵要打斷不像AT鍵結那麼容易


     

    5.分頁切換到Primer


    6.點選Options>Show Primer Secondary Structure。視窗會顯示出該段Primer的CG鍵結數目,依序比對直至找到適當序列


    7.若沒有找到適當的Primer,把原來程式挑出來的位置給剔除,讓程式再找一次 (要是還找不到就真的沒辦法了)

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